Da Vinci Şifresi, Dan Brown’un 2003 yılında kaleme aldığı bir romandır. Louvre Müzesi’nde Opus Dei’den bir keşiş olan Silas, müzenin küratörü Jacques Saunière’i yakalar ve Kutsal Kâse’nin nerede olduğunu öğrenmek ister. Saunière ona söyledikten sonra, Silas onu vurur ve ölüme terk eder. Ancak Saunière, Silas’a Kâse’nin konumu konusunda yalan söylemiştir. Sadece birkaç dakikası olduğunu ve önemli sırrını geçirmesi gerektiğini fark eden Saunière, kendi kanı ile karın üzerine bir pentagram çizer, kendi kanı ile bir daire çizer ve kendisini Da Vinci’nin Vitruvian Adam’ın pozisyonunu yeniden oluşturacak şekilde dairenin ortasına sürükler. Ayrıca yerde görünmez mürekkeple bir kod, bir dizi sayı ve iki satır metin bırakır.
Polis dedektifi Jerome Collet, hikayenin başkarakteri ve semboloji profesörü Robert Langdon’ı arar ve sahneyi yorumlamak için Louvre’a gelmesini ister. Langdon henüz cinayetle suçlandığının farkında değildir.
Saunière’i öldürdükten sonra Silas, “Öğretmen”i arar ve Saunière’in söylediğine göre anahtar taşımanın kilisesinin Paris’teki Saint-Sulpice Kilisesi’nde olduğunu söyler. Öğretmen Silas’ı oraya gönderir. Silas, Saunière’in Ipuçlarıyla anahtarın yerini bulur ve kandırıldığını fark eder. Öfke nöbeti geçiren Silas, Priory of Sion’un bekçisi ve Sion Manastırı için bir gözcü olan Sister Sandrine Bieil’i öldürür. Louvre’da, Langdon, Jerome Collet ve polis kaptanı Bezu Fache ile tanışır ve iki polisin onu cinayetle suçladığını fark eder.
Kriptoloji bölümünden ajan ve Saunière’nin torunu Sophie Neveu, olay yerine gelir ve Langdon’a elçiliği aramasını söyler. Langdon, Sophie’nin verdiği numarayı aradığında, ona verilen mesaj, Langdon’ın tehlikede olduğunu ve Louvre’da banyoda Sophie ile buluşması gerektiğini uyarır. Banyoda, Sophie, Fache’nin hareketlerini bir izleme cihazıyla kaydettiğini Langdon’a gösterir. Cihazı geçen bir kamyonun üzerine atarak polisin Langdon’un Louvre’dan kaçtığını düşünmesini sağlar. Sophie ayrıca Langdon’a, gizli mesajın son satırının “Not: Robert Langdon’u bul” olduğunu ve bu, dedesinin onu uyarmanın bir yolu olduğunu söyler: P.S. Princesse Sophie’un dedesinin ona takma adının baş harfleri. Langdon, P.S.’nin Priory of Sion’un baş harfleri olabileceğini düşünür; bu, pagan tanrıça tapınma geleneğini korumaya ve Saunière’in koruduğu sırrı sürdürmeye adanmış eski bir kardeşliktir. Langdon, Saunière’nin mesajının ikinci ve üçüncü satırlarını çözer: “Leonardo Da Vinci! Mona Lisa!” Sophie, başka bir ipucu aramak için tablolara geri döner. Polisler de Louvre’a döner ve Langdon’u tutuklar. Sophie, Madonna of the Rocks’ın arkasında bir anahtar bulur. Tabloyu rehine olarak kullanarak polis memurunu etkisiz hale getirir ve kendisiyle Langdon’u binadan çıkarır.
Sophie ve Langdon, anahtarın arka tarafında belirtilen İsviçre bankasına doğru sürerken, Langdon, Priory of Sion’un ve onların silahlı gücü olan Knights Templar’ın tarihini açıklar. Priory, Sangreal veya Kutsal Kâse’nin konumunu içeren gizli belgeleri korur. Langdon’un son yazısı tam da bu konuyu ele almaktadır. Sophie ve Langdon bankaya girdiklerinde, adı belirtilmeyen bir güvenlik görevlisi onları kaçak olarak tanır ve polisi arar, ancak bankanın müdürü ve Saunière’nin arkadaşı André Vernet, Sophie’yi tanır ve ona Langdon’a yardım eder. Sophie ve Langdon, Saunière’nin cesedinin yanında bırakılan sayının, kasayı açacak olan hesap numarası olduğunu anlarlar. Kasayı açtıklarında içinde bir cryptex bulurlar, Da Vinci tarafından tasarlanan ve Saunière tarafından yapılmış bir mesaj iletim cihazı. Cryptex, sadece bir şifre ile açılabilir. Vernet, Sophie ve Langdon’u kilitli zırhlı bir aracın arkasında Collet’nin yanından geçirirken, onlara ihanet eder, ancak onlar cryptex’le kaçmayı başarırlar. Sophie ve Langdon, cryptex’in aslında Priory’nin tüm Kutsal Kâse’nin konumuyla ilgili sırlarını içeren anahtar olduğunu fark eder.
Langdon ve Sophie, yardım için Sir Leigh Teabing’in evine giderler, bir tarihçi. Teabing, Grail efsanesini anlatırken, İncil’in doğrudan Tanrı’dan gelmediğini, ancak İmparator Constantine tarafından derlendiğini gösteren tarihi kanıtlarla başlar. Ayrıca, İsa’nın tanrılığının Nikaia’daki bir oylama ile belirlendiği ve İsa’nın kraliyet kanı taşıyan Meryem Magdalena ile evli olduğu ve ondan çocuğu olduğu kanıtlarını gösterir. Teabing, Son Akşam Yemeği’ndeki gizli semboller ve Magdalena’nın resmedildiği tabloyu gösterir. Kutsal Kâse’nin aslında Meryem Magdalena’nın bedeni ve Meryem’in kan hattının İsa ile ilişkili olduğunu kanıtlayan belgeler olduğunu söyler. Saunière ve diğerlerinin bu sırrı açıklamak üzere oldukları şüphesiyle Kilise tarafından öldürülmüş olabileceğini düşünüyor. Langdon cryptex’i gösterirken, Silas ortaya çıkar ve ona vurur. Silas, Sophie ve Teabing’i silah zoruyla tutar ve anahtarı ister, ancak Teabing, Silas’a saldırarak onu cezalandırma kemeri olduğu yer olan uyluğuna vurur ve Sophie de onu yüzüne tekme atarak etkisiz hale getirir. Onu bağlarlar.
Collet şatosuna varır, ancak Sophie, Langdon, bağlı Silas, Teabing ve hizmetçisi Rémy kaçar ve Teabing’in özel uçağına binerler ve İngiltere’ye giderler. Sophie, cryptex üzerindeki yazının bir ayna kullanılarak çözülebileceğini fark eder. Şiiri anlamalarını sağlayacak “Templarlar tarafından övülen bir mezar taşı” ve “Atbash şifresi” hakkındaki ipucunu anlarlar. Langdon, Knights Templar’ın iddia edildiği gibi Baphomet adlı tanrıyı adadığını hatırlar, ki bu bazen büyük bir taş başı tarafından temsil edilir. Atbash Cipher tarafından karıştırılmamış kelime Sofia’dır. Cryptex’i açtıklarında, yalnızca başka bir cryptex bulurlar, bu sefer bir şövalyenin bir papa tarafından gömüldüğü bir mezar hakkında bir ipucu içerir. Şövalyenin mezarında olması gereken küreyi bulmaları gerekiyor.
Fache, Teabing ve diğerlerinin jet içinde olduğunu fark eder. İngiliz polisini arar ve havaalanını çevrelemelerini ister, ancak Teabing, polisi içinde sadece kendisinin olduğuna inandırarak kandırır. Daha sonra Sophie, Langdon, Rémy ve Silas ile birlikte Londra’daki Temple Kilisesi’ne giderler, Papa’nın öldürdüğü şövalyelerin gömüldüğü yer. Rémy, Silas’ı serbest bırakır ve o da Öğretmen’i takip ettiğini açıklar. Silas, kilisede anahtarı almak için gider, ancak ondan almaya zorlamaya çalıştığında Langdon’ı tehdit eden Langdon, onu kırmakla tehdit eder. Rémy müdahale eder, Teabing’i rehin alır ve böylece Langdon’ı cryptex’i vermeye zorlar.
Bu sırada Collet ve adamları Teabing’in evine bakarlar ve onun Saunière’yi izlediğini bulduklarında şüphelenirler. Telefonda Öğretmen, Silas’a Rémy’nin cryptex’i teslim etmesine izin vermesini söyler. Öğretmen, Rémy ile parkta buluşur ve onu öldürür. Öğretmen, polisi arar ve Silas’ı yetkililere teslim eder. Silas kaçmaya çalışırken vurulur ve kazara idolü Piskopos Aringarosa’ya ateş eder. Silas, Piskopos Aringarosa’yı hastaneye götürür ve bir parka zorbeli adımlarla gider, burada ölür. Hastanede ertesi gün, Aringarosa, Teabing’in onu Grail’i kendisine teslim etmesi halinde Opus Dei’yi Kilise nezdinde yeniden kazanmasına yardımcı olacağını iddia ederek onu öldürme planına dahil ettiğinden dolayı acı bir şekilde düşünür.
Sophie ve Langdon’un araştırmaları, aradıkları şövalyenin Papa tarafından gömülen kişi olduğunu keşfetmelerine yol açar, çünkü bu kişinin Alexander Pope tarafından gömüldüğünü öğrenirler. Westminster Abbey’e giderler, Newton’ın gömüldüğü yer. Orada Öğretmen, Teabing’i elinde Teabing’in olduğu bir notla bahçeye çekiyor. Oraya gittiklerinde ise Teabing’in kendisinin Öğretmen olduğunu keşfederler. Teabing, Saunière’nin Sion Manastırı’nın sırrını açıklamama kararı aldığını, çünkü Kilise’nin sırrı açıklanırsa Sophie’yi öldürme tehdidinde bulunduğunu şüpheleniyordu. Sırrın kamuya açık bilgi olmasını isteyen Teabing, Grail’i kendi bulmaya karar verdi. Teabing, Langdon’a cryptex’i verir ve Langdon ve Sophie’den onun açmasına yardımcı olmalarını ister. Langdon, şifrenin elmayla (Newton’ın mezarından eksik olan) olduğunu anlar. Cryptex’i açar ve gizlice papirüsü çıkarır. Ardından boş cryptex’i havaya fırlatır, içindeki haritanın yok olmasını önlemek için Teabing’in tabancasını yakalamaya çalışırken düşürmesini sağlar. Birdenbire, Fache odaya dalış yapar ve Teabing’i tutuklar.
İkinci cryptex’in içindeki papirüs, Sophie ve Langdon’u İskoçya’ya yönlendirir, burada Sophie kardeşi ve büyükannesini bulur. Buluşma sırasında, ailesinin gerçekten İsa ve Meryem Magdalena’nın soyundan geldiğini keşfeder. Sophie ve Langdon ayrılır, bir ay içinde Floransa’da buluşma sözü verirler. Paris’e döndüğünde, Langdon, şiiri anlar ve Louvre’daki yerleşik küçük piramidi anlayarak Grail’in orada gizlenmiş olması gerektiğinden emin olur.